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¿Determinar si una prolina específica es cis o trans en la proteína?

¿Determinar si una prolina específica es cis o trans en la proteína?



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Mientras que los enlaces peptídicos suelen adoptar la trans conformación, los enlaces peptídicos a la prolina pueden existir en cis o trans conformación. La isomerización entre cis y trans es lento y se ha demostrado que es el paso que limita la velocidad en el plegamiento de ciertas proteínas.

¿Qué métodos se pueden utilizar para determinar la conformación de una prolina específica en una proteína?


Sarkar et al. (2007) La isomerización cis-trans de prolina controla la autoinhibición de una proteína de señalización. Célula molecular 25, 413-426 (DOI 10.1016 / j.molcel.2007.01.004), disponible aquí.

Los autores informan sobre las interacciones entre dos dominios SH3 de la proteína adaptadora Crk. Básicamente, encuentran que el enlazador que une estos dos dominios contiene una prolina que se interconvierte entre los cis y trans conformaciones, y que esta interconversión determina la interacción entre los dos dominios. Siguen la isomerización mediante RMN.

Cis-trans La isomerización de peptidil-prolilo es un cambio sutil, y no creo que encuentre una forma de seguirlo en una proteína específica que sea más simple que esta, desafortunadamente.


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