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¿En qué se diferencia el idiotipo del paratope?

¿En qué se diferencia el idiotipo del paratope?



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Lo que entiendo de estos dos términos es que:

Paratope es una porción de anticuerpo que reconoce y se une a un antígeno específico.

El idiotipo es un determinante antigénico de un anticuerpo formado por CDR que tienen especificidad por un epítopo particular. Algunos autores llaman idiotipo a los anticuerpos que reconocen un epítopo particular.

Bueno, las CDR, en realidad forman el paratope, así que ¿es correcto decir que la CDR que actúa como un paratope también forma el determinante / idiotipo idiotípico?


He leído que la secuencia de aminoácidos única de los dominios VH y VL de un anticuerpo dado puede funcionar no solo como un sitio de unión al antígeno sino también como un conjunto de determinantes antigénicos. los determinantes idiotípicos se generan por la confomación de la región variable de la cadena pesada y ligera. Cada determinante antigénico individual de la región variable se denomina idiotopo. En algunos casos, un idiotopo puede ser el sitio de unión al antígeno real (el paratopo) y, en algunos casos, un idiotopo puede comprender secuencias de la región variable FUERA del sitio de unión al antígeno. Por lo tanto, cada anticuerpo presentará múltiples idiotopos, y la suma de los idiotopos individuales se denomina IDIOTIPO del anticuerpo.

Espero que haya sido de ayuda


La siguiente fue una respuesta de un experto de assignmentexpert.com:

Paratope es solo la parte de Ab que se une al epítopo de un antígeno. Pero esto no significa que cada aminoácido de la CDR deba unirse al epítopo; es posible que solo 1-2 AA por CDR se unan directamente al epítopo. Por lo tanto, paratope es la parte del idiotipo que se une al epítopo.


¿Cuál es la diferencia entre epítopo y paratopo?

los diferencia principal entre epítopo y paratope es que El epítopo es un determinante antigénico específico que se produce en el antígeno, mientras que el paratopo es el sitio de unión del antígeno en el anticuerpo. . Además, los componentes del sistema inmunológico, incluidos los anticuerpos, las células B y las células T, reconocen los epítopos, mientras que el paratopo se une al epítopo específico.

El epítopo y el paratopo son dos tipos de regiones de unión que se encuentran en las proteínas. Desempeñan una función importante en la inmunidad humoral por medio del reconocimiento.

Áreas clave cubiertas

Términos clave

Anticuerpo, antígeno, epítopo, inmunidad humoral, paratopo


Isotipos, alotipos e idiotipos

Los anticuerpos humanos son glucoproteínas tetrapéptidas en forma de Y formadas por dos cadenas pesadas y dos cadenas ligeras que están unidas por enlaces disulfuro. Como cualquier otra proteína, los anticuerpos pueden actuar como un antígeno, si se inyectan en diferentes especies o huéspedes. Por ejemplo, si se inyectan anticuerpos de humanos en ratones, los ratones reconocerán que estos anticuerpos son proteínas extrañas (antígenos) y formarán anticuerpos contra anticuerpos humanos (es decir, anticuerpos antihumanos).

Se observa que la inmunoglobulina completa no es inmunogénica pero contiene determinantes antigénicos en sitios específicos. Según la ubicación de esos determinantes antigénicos, las inmunoglobulinas se dividen en isotipos, alotipos e idiotipos.

Isotipos

Cada anticuerpo tiene solo un tipo de cadena pesada (γ, o α, o μ, o ε, o δ) y un tipo de cadena ligera (k o λ). Las diferencias estructurales en la región constante de una cadena pesada o cadena ligera determinan la clase y subclase de inmunoglobulina (Ig), los tipos y subtipos dentro de una especie. Estos determinantes de región constante se denominan determinantes isotípicos o isotipos.

Formación de anticuerpos anti-isotípicos

Todos los miembros de una especie portan los mismos genes de región constante (incluidos múltiples alelos), por lo que cuando un anticuerpo de una especie se inyecta en otra especie, los determinantes isotípicos se reconocerán como extraños, formando un anticuerpo antiisotípico.

Alotipos

Aunque todos los miembros de una especie heredan el mismo conjunto de genes de isotipo, existen múltiples alelos para algunos de los genes. Estos alelos codifican diferencias sutiles de aminoácidos. Los productos de formas alélicas del mismo gen tendrán secuencias de aminoácidos ligeramente diferentes en las regiones constantes, que se conocen como determinantes alotípicos. La suma de los determinantes alotípicos individuales mostrados por un anticuerpo determina su alotipo.

Alotipos en humanos

  1. Alotipos de cadena gamma (también conocidos como marcadores Gm): Hasta ahora al menos 25 alotipos de GM diferentes han sido identificados, p. ej. G1m (1), G2m (23), G3m (11), G4m (4a).
  2. La subclase IgA2 tiene 2 alotipos designado como A2m (1) y A2m (2).
  3. Cadena ligera Kappa (κ) tiene 3 alotipos, designado Km (1), Km (2) y Km (3).

Cada uno de estos determinantes alotípicos representa diferencias en uno a cuatro aminoácidos que están codificados por diferentes alelos.

Formación de anticuerpos anti-alotípicos

Se pueden producir anticuerpos contra determinantes alotípicos inyectando anticuerpos de un miembro de una especie en otro miembro de la misma especie que porta diferentes determinantes alotípicos. A veces, un madre embarazada puede producir anticuerpos contra determinantes alotípicos paternos presentes en la inmunoglobulina fetal. Los anticuerpos anti-alotipo también se pueden desarrollar siguiendo transfusión de sangre.

Idiotipo

Idiotipo
Fuente de la imagen: diagnóstico creativo

Los dominios VH y VL de un anticuerpo constituyen un sitio de unión al antígeno. Para reconocer la amplia gama de antígenos que un ser humano puede encontrar durante su vida, esta región variable tiene una conformación estructural diferente debido a la presencia de diferentes aminoácidos. Hay millones de estos anticuerpos en el cuerpo humano específicos para cada antígeno.

Estas secuencias de aminoácidos únicas presentes en los dominios VH y VL de un anticuerpo dado también sirven como un conjunto de determinantes antigénicos. Cada individuo El determinante antigénico de la región variable se denomina idiotopo.. Cada anticuerpo presentará múltiples idiotopos; la suma de los idiotopos individuales se denomina idiotipo del anticuerpo.


Las inmunoglobulinas idénticas de región variable que difieren en el isotipo expresan paratopos diferentes

El hallazgo de que la región constante (C) del anticuerpo (Ab) puede influir en la especificidad fina sugiere que el cambio de isotipo contribuye a la generación de diversidad de Ab y restricción de idiotipo. A pesar de la centralidad de esta observación para diversos efectos inmunológicos, como las respuestas a las vacunas, las respuestas de anticuerpos restringidos por isotipo y el origen de las respuestas primarias y secundarias, no se comprenden los mecanismos moleculares responsables de este fenómeno. En este estudio, hemos adoptado un enfoque novedoso al problema al sondear el paratopo con miméticos de péptidos de marcaje (15) N seguido de espectroscopía de RMN y espectroscopía de emisión de fluorescencia. Específicamente, hemos explorado la hipótesis de que la región C impone restricciones conformacionales en la región variable (V) para afectar la estructura del paratopo en una región V idéntica IgG (1), IgG (2a), IgG (2b) e IgG (3) mAbs. Los resultados revelan diferencias relacionadas con el isotipo en la espectroscopia de emisión de fluorescencia y diferencias relacionadas con la temperatura en la unión y escisión de un péptido mimético. Llegamos a la conclusión de que la región C puede modificar la estructura de la región V para alterar el paratope Ab, proporcionando así una explicación de cómo el isotipo puede afectar la especificidad de Ab.


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En: Journal of Biological Chemistry, vol. 287, núm. 42, 12.10.2012, pág. 35409-35417.

Resultado de la investigación: Contribución a la revista ›Artículo› revisión por pares

T1 - Las inmunoglobulinas idénticas de región variable que difieren en el isotipo expresan paratopos diferentes

N2: el hallazgo de que la región constante (C) del anticuerpo (Ab) puede influir en la especificidad fina sugiere que el cambio de isotipo contribuye a la generación de diversidad de Ab y restricción de idiotipos. A pesar de la centralidad de esta observación para diversos efectos inmunológicos, como las respuestas a las vacunas, las respuestas de anticuerpos restringidos por isotipo y el origen de las respuestas primarias y secundarias, no se comprenden los mecanismos moleculares responsables de este fenómeno. En este estudio, hemos adoptado un enfoque novedoso del problema al sondear el paratopo con miméticos de péptidos de marca 15N seguido de espectroscopía de RMN y espectroscopía de emisión de fluorescencia. Específicamente, hemos explorado la hipótesis de que la región C impone restricciones conformacionales en la región variable (V) para afectar la estructura del paratopo en una región V idénticos IgG1, IgG2a, IgG2b e IgG3 mAbs. Los resultados revelan diferencias relacionadas con el isotipo en la espectroscopia de emisión de fluorescencia y diferencias relacionadas con la temperatura en la unión y escisión de un péptido mimético. Llegamos a la conclusión de que la región C puede modificar la estructura de la región V para alterar el paratope Ab, proporcionando así una explicación de cómo el isotipo puede afectar la especificidad de Ab.

AB: el hallazgo de que la región constante (C) del anticuerpo (Ab) puede influir en la especificidad fina sugiere que el cambio de isotipo contribuye a la generación de diversidad de Ab y restricción de idiotipo. A pesar de la centralidad de esta observación para diversos efectos inmunológicos, como las respuestas a las vacunas, las respuestas de anticuerpos restringidos por isotipo y el origen de las respuestas primarias y secundarias, no se comprenden los mecanismos moleculares responsables de este fenómeno. En este estudio, hemos adoptado un enfoque novedoso del problema al sondear el paratopo con miméticos de péptidos de marca 15N seguido de espectroscopía de RMN y espectroscopía de emisión de fluorescencia. Específicamente, hemos explorado la hipótesis de que la región C impone restricciones conformacionales en la región variable (V) para afectar la estructura del paratopo en una región V idénticos IgG1, IgG2a, IgG2b e IgG3 mAbs. Los resultados revelan diferencias relacionadas con el isotipo en la espectroscopia de emisión de fluorescencia y diferencias relacionadas con la temperatura en la unión y escisión de un péptido mimético. Llegamos a la conclusión de que la región C puede modificar la estructura de la región V para alterar el paratope Ab, proporcionando así una explicación de cómo el isotipo puede afectar la especificidad de Ab.


INMUNOENSAYO NO COMPETITIVO PARA PEQUEÑAS MOLÉCULAS

FORTÜNE KOHEN,. JOSEF DE BOEVER, en Inmunoensayo, 1996

5. CONCLUSIONES

En este capítulo hemos descrito el desarrollo de procedimientos de inmunoensayo no competitivos denominados ensayos idiométricos para moléculas pequeñas como se ejemplifica para el estradiol y la progesterona. El desarrollo del ensayo idiométrico se ha logrado mediante la identificación, producción y utilización de dos tipos de anticuerpos antiidiotípicos inducidos mediante el uso del anticuerpo primario como inmunógeno. Estos anticuerpos antiidiotípicos identificados como tipos beta y alfa se seleccionaron mediante una variedad de procedimientos de detección (véanse las figuras 19.2-19.5) y tenían las siguientes características:

5.1. Betatipos

Estos anticuerpos antiidiotípicos reconocieron un epítopo en el sitio de unión desocupado (paratope). Además, eran sensibles a los analitos y competían con el analito por los sitios de unión del anticuerpo primario. De hecho, los tipos beta se utilizaron como antígeno marcado en procedimientos de inmunoensayo (11).

5.2. Alfatipos

Estos anticuerpos antiidiotípicos se seleccionaron basándose en que sus epítopos estaban muy próximos al paratopo y no se vieron afectados por la presencia o ausencia del analito. En particular, el tipo alfa identificado para el ensayo idiométrico no pudo unirse al anticuerpo primario en presencia del tipo beta debido al impedimento estérico (ver Tabla 19.2).

El uso de tres anticuerpos emparejados (anticuerpo primario, tipo beta y tipo alfa) ha permitido el desarrollo de un método de inmunoensayo no competitivo para moléculas pequeñas (v. Fig. 19.6). El método es un ensayo de exceso de reactivo, como se muestra en las curvas de calibración de las Figs. 19.7, 19.10 y 19.11. La adición de un exceso de tipo beta no desplaza el analito y asegura un fondo bajo.

Los ensayos idiométricos para estradiol y progesterona demuestran una buena sensibilidad y precisión en comparación con los inmunoensayos competitivos directos convencionales. Dado que el ensayo idiométrico es un método de exceso de reactivo, es muy adecuado para la tecnología de tira reactiva. Además, el punto final es muy flexible. Los marcadores, el anticuerpo primario o el tipo alfa se pueden marcar con enzimas, radioisótopos o etiquetas fluorescentes o quimioluminiscentes. Actualmente, estamos produciendo reactivos para el desarrollo de ensayos idiométricos para la medición de estrona-3-glucurónido y pregnanediol-3α-glucurónido en orina. También estamos investigando la idoneidad de este enfoque para medir moléculas grandes (por ejemplo, hormona del crecimiento). Curiosamente, se ha demostrado que los antiidiotipos producidos contra IgG anti-estradiol se unen al receptor de estrógeno (20). Este hallazgo sugiere que puede haber homología estructural entre el entorno del sitio de unión del anticuerpo y el receptor.


Abstracto

En el punto de inflexión de mediados de los 80, gran parte del trabajo experimental se erige como evidencia de que la hipótesis de la red original de Jerne & # x27 puede ser correcta. Sin embargo, gran parte de la información disponible proviene de estudios sobre la regulación de idiotipos en anticuerpos / linfocitos que reconocen antígenos exógenos o sintéticos. En comparación, se sabe mucho menos sobre la regulación de la autoinmunidad a través del idiotipo de anticuerpos o receptores dirigidos contra componentes propios. La distinción entre antígenos de origen externo e interno probablemente no sea solo un problema de semántica. Los autoantígenos pueden estar regulados de un modo ligeramente diferente al de sus homólogos no propios. Aquí Maurizio Zanetti discute la necesidad de analizar la respuesta inmune a los autoantígenos de forma independiente.

Esta es la publicación número 73 del Departamento de Inmunología del Instituto de Biología Médica, LaJolla, CA 92037. Este trabajo fue financiado en parte por una Beca en Ayuda de QUIDEL, La Jolla, CA.


Crianza de ideotipos: preguntas frecuentes | Métodos | Mejoramiento de plantas

¡Todo lo que necesita saber sobre la cría de ideotipos!

Resp. Un modo biológico que se espera que funcione o se comporte de una manera predecible dentro de un entorno definido se conoce como ideotipo. También se conoce como tipo de planta ideal o tipo de planta modelo.

P. 2. ¿Quién desarrolló el concepto de tipo de planta?

Resp. El concepto de tipo de planta fue introducido por primera vez en el mejoramiento de arroz por Jennings en 1964.

P. 3. ¿Quién acuñó el término ideotipo?

Resp. El término ideotipo fue acuñado por Donald en 1968 trabajando con cultivos de trigo.

P. 4. ¿Qué es el ideotipo de cultivo?

Resp. Un modelo de planta que se espera que produzca una mayor cantidad de granos, fibra, aceite u otro producto útil cuando se desarrolla como un cultivar se llama ideotipo de cultivo.

P. 5. ¿Quién desarrolló el concepto de ideotipo de cultivo?

Resp. El concepto de ideotipo de cultivo fue desarrollado por Donald 1968 en el trigo.

P. 6. ¿Qué es la reproducción de ideotipos?

Resp. Un método de mejoramiento de cultivos que se utiliza para mejorar el potencial de rendimiento genético mediante la manipulación genética del carácter de una planta individual se denomina mejoramiento de ideotipos.

P. 7. ¿Qué es el índice de cosecha?

Resp. La relación entre el rendimiento económico y el rendimiento biológico o la relación entre el producto económico y la biomasa total se denomina índice de cosecha.

P. 8. ¿Quién acuñó el término índice de cosecha?

Resp. El término índice de cosecha fue utilizado por primera vez por Donald en 1962.

P. 9. ¿Qué es el rendimiento biológico?

Resp. La producción total de materia seca por planta se denomina rendimiento biológico o biomasa.

P. 10. ¿Qué es el rendimiento económico?

Resp. El peso seco de la parte útil de la planta, como el rendimiento de grano en cereales, legumbres y semillas oleaginosas, y el rendimiento de algodón en rama en algodón, se denomina rendimiento económico.

P. 11. ¿Qué es un determinado tipo de planta?

Resp. El tipo de planta en el que cesa el crecimiento de la yema apical después de un período definido se conoce como tipo de planta determinada. Por lo general, estas plantas producen solo un brote de flores, como los primeros genotipos de gandul, garbanzo verde, garbanzo negro, caupí, etc.

P. 12. ¿Qué son las plantas indeterminadas?

Resp. Los genotipos de plantas en los que la yema apical crece continuamente se denominan plantas indeterminadas. Estos genotipos pueden producir un segundo brote de flores, como los genotipos de larga duración del algodón y el gandul.

P. 13. ¿Qué es el tipo de planta compacta?

Resp. Los tipos de plantas que tienen estatura erecta y tienen muy menos extensión de plantas se conocen como tipos de plantas compactas, también llamadas tipos de plantas erectas. Estos tipos de plantas son adecuados para espaciamientos más estrechos.

P. 14. ¿Qué es un tipo de planta robusta?

Resp. Los genotipos de plantas que tienen un crecimiento vegetal vigoroso se denominan tipos de plantas robustas. Estos genotipos son generalmente tipos de propagación.

P. 15. ¿Qué es el tipo de planta enana?

Resp. El genotipo de planta que tiene estatura enana se llama tipo de planta enana.

P. 16. ¿Cuál es la fuente del gen que empequeñece en el trigo?

Resp. En el trigo, Norin 10 es la fuente importante de genes de enanismo.

P. 17. ¿Cuál es la fuente del enanismo en el arroz?

Resp. En el arroz, Dee-Geo-Woogen es la fuente importante de genes enanos.

P. 18. ¿Qué es el tipo de planta alta?

Resp. Los genotipos de plantas que tienen estatura alta se denominan tipos de plantas altas. Estos genotipos suelen ser propensos al alojamiento.

P. 19. ¿Qué es el tipo de planta piramidal?

Resp. En las dicotiledóneas, los genotipos que tienen forma piramidal, como en el algodón, se refieren al tipo de planta piramidal.

P. 20. ¿Qué son las hojas erectas?

Resp. En los cereales, las hojas que tienen una posición erguida se denominan hojas erectas. Estas hojas tienen un ángulo agudo con el tallo y también tienen un alto CO2 eficiencia de fijación.

P. 21. ¿Qué son las hojas caídas?

Resp. en los cereales, las hojas que tienen una posición inclinada hacia abajo se conocen como hojas caídas. Estas hojas tienen un ángulo recto u obtuso con el tallo y se consideran fisiológicamente menos eficientes.

P. 22. ¿Qué son los cultivadores?

Resp. En los cereales, la réplica del tallo principal que se origina en la base de una planta se llama macolla.

Resp. En los cereales, la longitud del brote desde el primer entrenudo hasta la base de la espiga se llama culmo.

P. 24. Definir plantas fisiológicamente eficientes.

Resp. Los genotipos de plantas con las siguientes características se consideran fisiológicamente eficientes:

(i) Alto CO2 eficiencia de fijación.

(ii) Alta eficiencia de absorción de minerales.

(iii) Alta respuesta a los nutrientes.

(v) Foto y termoinsensibilidad.

P. 25. ¿Qué es el fitomejoramiento fisiológico?

Resp. La mejora genética de plantas de cultivo en relación con los siguientes parámetros fisiológicos se conoce como mejoramiento fisiológico de cultivos:

(i) CO2 eficiencia de fijación,

(ii) Capacidad de absorción de nutrientes,

(iv) Reducción de la foto-respiración y la transpiración.

P. 26. ¿Qué es la madurez sincrónica?

Resp. La madurez de todos los frutos de una planta al mismo tiempo se conoce como madurez sincrónica. Este rasgo es deseable para cosechar a máquina.

P. 27. ¿Qué es idiotipo?

Resp. Las características morfológicas de los cromosomas de una especie vegetal en particular se refieren al idiotipo.

P. 28. ¿Qué son C3 plantas?

Resp. Las especies de plantas que producen tres compuestos de carbono (ácido fosfoglicérico) como primera sustancia estable durante la fotosíntesis se denominan C3 plantas. C3 las plantas son fisiológicamente menos eficientes que C4 plantas.

P. 29. ¿Cuáles son ejemplos de C3 plantas?

Resp. La mayoría de las plantas de cultivo son C3. Ejemplos de C3 las plantas incluyen arroz, trigo, cebada, legumbres, semillas oleaginosas, etc.

P. 30. ¿Qué son C4 plantas?

Resp. Las especies de plantas que producen cuatro compuestos de carbono (ácido oxaloacético) como primer producto estable de la fotosíntesis se denominan C4 plantas. Fisiológicamente C4 las plantas son más eficientes que C3 plantas.

P. 31. Cite ejemplos de C4 plantas.

Resp. C4 las plantas incluyen maíz, sorgo, caña de azúcar y amaranto.

P. 32. ¿Quién propuso por primera vez el tipo de planta ideal de maíz?

Resp. En el maíz, Mock y Pearce sugirieron por primera vez el tipo de planta ideal en 1975.

P. 33. ¿Quién sugirió por primera vez el tipo de planta ideal de cebada de seis hileras?

Resp. En la cebada de seis hileras, Rasmusson sugirió por primera vez el tipo de planta ideal en 1987.

P. 34. ¿Quién propuso el tipo de planta ideal de algodón para condiciones de riego?

Resp. El tipo de planta ideal de algodón americano y Desi para condiciones de riego fue propuesto por Singh et. Al (1974).

P. 35. ¿Quién propuso el tipo de planta ideal de algodón para condiciones de secano?

Resp. Para condiciones de secano, Singh y Narayanan propusieron en 1993 el tipo de planta ideal de algodones de secano y arboreo.

P. 36. ¿Quién propuso el ideotipo de Brassica?

Resp. El ideotipo de Brassica fue propuesto por Bhargava et al en 1984.

P. 37. ¿Quién propuso el ideotipo de trigo para condiciones de secano?

Resp. En India, R.D. Asana propuso el ideotipo de trigo para condiciones de secano.

P. 38. ¿Quién propuso el ideotipo de Brassica napus para condiciones de secano?

Resp. El ideotipo de Brassica napus para condiciones de secano fue propuesto por Thurling en 1991.

P. 39. ¿Cuáles son las principales características del mejoramiento de ideotipos?

Resp. Las principales características de la reproducción de ideotipos se detallan a continuación:

(i) Se enfatiza el rasgo individual que mejora el rendimiento.

(ii) Incluye rasgos morfológicos y fisiológicos.

(iii) Explota la variación fisiológica.

(iv) Implica un enfoque interdisciplinario.

(v) Es un método lento de desarrollo de cultivares.

(vi) La selección se centra en rasgos que mejoran el rendimiento.

(vii) Los valores de cada personaje se deciden de antemano.

P. 40. ¿Cuáles son las características principales del ideotipo del trigo?

Resp. Las principales características del ideotipo de trigo se enumeran a continuación:

P. 41. ¿Cuáles son las principales características del ideotipo de arroz?

Resp. Características principales del ideotipo de arroz como se indica a continuación:

(ii) Alta capacidad de macollamiento,

(iii) Hojas cortas, erectas, gruesas y muy anguladas.

P. 42. ¿Cuáles son las principales características del ideotipo del maíz?

Resp. En el maíz, a continuación se dan las principales características del tipo de planta ideal:

P. 43. ¿Cuáles son los factores que afectan al ideotipo?

Resp. El ideotipo se ve afectado por los siguientes factores:

(ii) Tipo de cultivo o prácticas de cultivo,

(iii) Condiciones socioeconómicas y económicas de los agricultores,

(v) Requisitos del mercado, etc.

P. 44. ¿Qué pasos están involucrados en el mejoramiento de ideotipos?

Resp. La reproducción de ideotipos consta de los siguientes pasos:

(i) Desarrollo de modelo conceptual.

(ii) Selección de material base a partir de germoplasma.

(iii) Incorporación de rasgos deseables.

(iv) Selección del tipo de planta deseable.

P. 45. ¿En qué cultivos ha sido gratificante el mejoramiento de ideotipos?

Resp. El mejoramiento de ideotipos ha sido gratificante en cereales (trigo y arroz) y mijo (sorgo y mijo perla).

P. 46. ¿Cuál es el tipo de planta sugerido por M.S. Swaminathan?

Resp. SRA. Swaminathan ha enumerado los siguientes atributos deseables de los ideotipos de cultivos con especial referencia a los cultivos múltiples en los trópicos y subtrópicos.

(i) Desempeño superior de la población.

(ii) Alta productividad por día.

(iii) Alta capacidad fotosintética.

(v) Foto y termoinsensibilidad.

(vi) Alta respuesta a los nutrientes.

(vii) Alta productividad por unidad de agua.

(viii) Múltiples resistencias a insectos y enfermedades.

(ix) Mejor cantidad y calidad de proteínas.

(x) Dosel de cultivo que puede retener y fijar un máximo de CO2.

(xi) Estabilidad a la mecanización.

P. 47. ¿Cuáles son las ventajas de la reproducción de ideotipos?

Resp. Proporciona solución a varios problemas a la vez, como enfermedades, insectos y resistencia al alojamiento, duración de la madurez, rendimiento y calidad al combinar genes deseables para estos rasgos de diferentes fuentes en un solo genotipo.

P. 48. ¿Cuáles son los deméritos de la reproducción de ideotipos?

Resp. La reproducción de ideotipos tiene algunas limitaciones o desventajas. La incorporación de varios rasgos morfológicos, fisiológicos y de resistencia de diferentes fuentes en un solo genotipo es una tarea difícil. A veces, la combinación de algunos caracteres no es posible debido al estrecho vínculo entre caracteres deseables e indeseables. La presencia de tal vínculo obstaculiza el progreso de la reproducción de ideotipos. Además, es un método lento de desarrollo de cultivares.

P. 49. ¿Cuáles son las diferencias entre la cría tradicional y la cría de ideotipos?

Resp. Las principales diferencias entre la cría tradicional y la cría de ideotipos se presentan a continuación en la Tabla 30.1:


Desarrollo y caracterización de un anticuerpo antiidiotípico neutralizante frente a mirvetuximab para el análisis de muestras clínicas

Los conjugados anticuerpo-fármaco (ADC) son una clase emergente de terapias biológicas. Mirvetuximab soravtansine es un nuevo ADC dirigido al receptor de folato alfa (FRα) que representa un nuevo tratamiento potencial para pacientes con cánceres de ovario y otros cánceres FRα positivos. Dado que las respuestas inmunitarias del paciente a las terapias biológicas pueden afectar negativamente la eficacia del fármaco y la seguridad del paciente, las autoridades reguladoras requieren un control riguroso de las muestras de los pacientes. Aprovechando la capacidad del sistema inmunológico para generar anticuerpos altamente específicos, el campo ha recurrido a los anticuerpos anti-idiotipo como herramientas poderosas para el desarrollo de bioensayos sensibles y específicos. Aquí, informamos la generación y caracterización de un anticuerpo anti-idiotipo neutralizante altamente específico dirigido contra M9346A, la fracción de anticuerpo de mirvetuximab soravtansine. El anticuerpo anti-idiotipo reconoce M9346A con afinidad picomolar de dos dígitos, compite con el antígeno del receptor de folato por unirse a M9346A y puede usarse para desarrollar ensayos de anticuerpos anti-fármaco y anticuerpos neutralizantes.

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Métodos

Recuperación y compilación de datos

Los archivos coordinados de los complejos Ab-Ag se recuperaron de RCSB PDB (www.rcsb.org/pdb). Los datos así obtenidos se filtraron y se sometieron a extracción como se menciona en la sección de resultados. Los CDR se identificaron mediante el sistema de numeración de Kabat [42]. Se recuperaron los archivos coordinados de los complejos y se separaron según la fuente de anticuerpos en dos grupos, humanos y de ratón. Si bien más del 90% de los anticuerpos recuperados se obtuvieron de ratones domésticos inmunizados, la cepa del ratón no se consideró como un criterio para la selección de los anticuerpos, ya que no hay dos individuos con una estructura genética idéntica, por lo que el repertorio inmunológico también variaría.

Identificación del origen de la línea germinal de los anticuerpos y su agrupación

Se consultaron las secuencias candidatas para los genes de la línea germinal en la base de datos IMGT utilizando la herramienta Ig BLAST 1.3.0 en el NCBI con la configuración predeterminada [43, 44]. Luego, los anticuerpos se agruparon en función de la línea germinal común. VH origen. Los datos que no comparten un origen común se descartaron mientras que el resto se agruparon.

Análisis estructural

La alineación de secuencia basada en la estructura de todos los linajes se realizó en Chimera 1.11.2 [45]. Se eligió al azar un anticuerpo como referencia con el que se emparejaron otras estructuras. Se anotaron RMSD de CDR. Los contactos entre los complejos se observaron en PDBsum [46]. Para el antígeno de múltiples subunidades, se agregan e informan los enlaces entre el anticuerpo y cada cadena del antígeno. En los complejos en los que PDBsum no obtuvo ninguna información de interacción, se utilizó PISA 1.48 [47] para identificar los contactos.

Selección de sistema

Tres anticuerpos maduros, anti-uPAR, Fab 5.11A1 y Fab ED10 que se unieron a uPAR, CD28 y ADN respectivamente de VH1–84 el linaje del ratón formó un sistema (ID de PDB: 3BT2, 1YJD, 2OK0 respectivamente). Dos de los cuatro anticuerpos, el Fab 10G5H6 unido al ectodominio D3 de IL-13 y el anticuerpo m66 unido al péptido gp41 MPER (región externa proximal de la membrana) (ID de PDB: 4HWB, 4NRX respectivamente) de VH5–51 linaje de humano compuesto por el otro sistema y fueron elegidos para la simulación. Dado que en el ser humano, los otros 2 anticuerpos Fab 2558 y Fab CH58 también se unieron a péptidos, estos fueron excluidos del estudio para mantener la distinción del epítopo. Solo se retuvieron las moléculas que interactuaban directamente con el anticuerpo, el resto se eliminaron. Para el anticuerpo, solo se retuvo la región Fv (fragmento variable) que constituye las CDR y las regiones marco. Se eliminaron los antígenos de cada uno de los complejos para generar una forma libre de anticuerpos.

Análisis de secuencia

Análisis de secuencia múltiple de los anticuerpos y su línea germinal correspondiente VH-gene se realizó en línea utilizando CLUSTAL omega (configuración predeterminada) debido a la precisión de la alineación [48]. Se identificaron mutaciones a partir de la alineación. Se generó una matriz de porcentaje de identidad a partir de la alineación para obtener la identidad entre la secuencia con la contraparte de la línea germinal. Las clases canónicas de los CDR se asignaron utilizando estrictas plantillas Chothia SDR (http://www.bioinf.org.uk/abs/chothia.html) [12, 31].

Simulación de dinámica molecular

Configuración de simulación

Todas las estructuras heteroméricas iniciales se proporcionaron como entrada al módulo tLEaP en el paquete AMBER14 para generar topología y archivos de coordenadas [49]. Los parámetros de la mecánica molecular se asignaron utilizando el campo de fuerza ff12SB [50]. Las moléculas se solvataron explícitamente usando una caja de agua TIP3P con bordes de caja que se encuentran a 10 Å de los átomos más externos de las proteínas en todas las direcciones. La carga del sistema se neutralizó con contraiones monovalentes, Na + o Cl-. Antes de someterlo a la simulación, se realizó la minimización de energía para 5000 pasos con el descenso más pronunciado para los primeros 2500 pasos seguido de gradiente conjugado para descansar. Si persistían los enfrentamientos estéricos, se incrementaba el ciclo de minimización. Los sistemas se calentaron a 300 K durante una simulación dinámica de 14 ps utilizando el conjunto NVT. La temperatura del sistema se limitó mediante el acoplamiento de temperatura dinámica de Langevin con un intervalo de tiempo de 2 fs. La presión se equilibró a 1 atm durante un período de 10 ps utilizando escalado de posición isotrópica manteniendo la temperatura constante a 300 K. Se realizó un tercer equilibrado durante 100 ps para estabilizar el sistema. La ejecución de MD de producción se realizó utilizando el conjunto NPT durante 0,5 μs a 300 K y 1 atm para cada sistema. Las instantáneas se guardaron en un intervalo de 10 ps. Todas las simulaciones de MD se realizaron utilizando Sander y una versión CUDA paralela de PMEMD de AMBER14 [51, 52]. Todas las simulaciones se realizaron internamente utilizando la instalación de Computación de alto rendimiento (HPC) con GPU NVIDIA K20X.


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