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Ejemplos de nombres de clados en PhyloCode

Ejemplos de nombres de clados en PhyloCode



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Después de revisar el PhyloCode, lo único que encontré que parecía un ejemplo fue en el Artículo 9, Capítulo 4:

Una definición basada en nodos puede abreviarse "

Una definición basada en rama puede abreviarse "> A ~ Z" o "> A ~ Z∨Y∨X [etc.]".

Una definición basada en apomorfias puede abreviarse "> M (A)".

Luego, a partir de las siguientes líneas, supongo que así es como aparecerían los nombres impresos:

El sistema de abreviaturas utilizado aquí adopta las siguientes convenciones:> = "el clado más inclusivo que contiene"; <= "el clado menos inclusivo que contiene"; & = "y"; ∨ = "o"; ~ = "pero no"; A, B, C, etc. = especies o especímenes utilizados como especificadores internos; Z, Y, X, etc. = especies o especímenes utilizados como especificadores externos; M = una apomorfia; () = "de" o "sinapomórfico con eso en"; > ∇ = "el clado de la corona más inclusivo que contiene"; <∇ = "el clado corona menos inclusivo que contiene". El triángulo invertido que significa "clado de la corona" se asemeja a la representación de un clado de la corona en un diagrama de árbol filogenético.

Me pregunto si uno podría aclarar qué nombre de Clade real en el mundo real sería usando PhyloCode. Quizás solo algunos ejemplos o incluso solo uno. Por ejemplo, existe este helecho Equisetidae, una subclase de Polypodiopsida. En total tiene este conjunto de nombres:

Reino Plantae Subkingdom Embryophyta (sin clasificar) Tracheophyta (sin clasificar) euphyllophytes Clase Polypodiopsida Subclase Equisetidae

Me pregunto cómo reescribiría esto usando PhyloCode. Si es demasiado complicado o requiere un montón de trabajo adicional para inicializar un conjunto básico de códigos o algo así, sería bueno saberlo también. Pero a partir de los documentos que he visto, parece sugerir que uno puede traducir los términos de clasificación de Linnaean existentes al PhyloCode de alguna manera. Mi intento de hacerlo sin haber revisado a fondo todo el documento es este:

A = Plantae B = Embryophyta C = Tracheophyta D = Euphyllophytes E = Polypodiopsida F = Equisetidae

Entonces el nombre completo sería algo así comoA> B> C> D> E> F. O tal vez sea más así:

A = Plantae A> B = Embryophyta A> B> C = Traqueofita A> B> C> D = euphyllophytes A> B> C> D> E = Polypodiopsida A> B> C> D> E> F = Equisetidae

Buscando ayuda para comprender mejor cómo traducir términos / especies de Linneo existentes a PhyloCode. Me pregunto si realmente está cambiando el nombre de cosas comoTraqueofita, que tiene un descriptivo Nombre latino, aA> B> C, el cual es un no descriptivo identificador. Gracias.


Clade

El término "clado" proviene del griego "klados, "Para" rama ". Es útil pensar en un clado como una "rama" en el árbol de la vida, donde el antepasado común es el lugar donde la rama se separa del tronco principal.

Debido a que los clados son una forma de pensar sobre las “ramas del árbol de la vida”, un clado solo puede contener organismos que comparten un ancestro común. Un clado también contiene todos descendientes de esa rama, sin excluir ninguno.

Los clados son útiles en el estudio de la biología porque los biólogos estudian cómo funciona la vida y cómo cambia con el tiempo. Ver cómo las diferentes especies descienden de un ancestro común, y cómo son similares o diferentes, puede ayudar a los biólogos a comprender cómo evolucionan las diferentes características de la vida.

Este gráfico a continuación ilustra cómo se identifican y definen los clados. La caja verde no representa un verdadero clado, porque no se incluyen todos los antepasados ​​del antepasado común más antiguo. Las cajas azul y naranja, por el contrario, son verdaderos clados porque contienen un antepasado común y todos los descendientes de ese antepasado.

El estudio de la cladística es el estudio de clasificar los organismos en función de sus relaciones entre sí.

Los clados se utilizan para ayudar a los científicos a comprender las similitudes y diferencias entre las formas de vida y cómo la vida cambia y se desarrolla con el tiempo.

La idea de clasificar los organismos en función de su relación se originó con la teoría de la evolución de Darwin. Cuando Darwin descubrió que las poblaciones de animales podían cambiar sus características físicas con el tiempo, se dio cuenta de que las poblaciones podían dividirse en diferentes especies con el tiempo.

Luego planteó la hipótesis de que especies con características similares, como los humanos y los simios, podrían haber descendido en algún momento del mismo antepasado común.

Hasta la teoría de la evolución de Darwin, los biólogos habían intentado comprender y clasificar las especies según rasgos superficiales. Por ejemplo, los mamíferos se definieron como organismos que tenían pelo, cuatro extremidades y amamantaban a sus crías, pero los biólogos predarwinianos no creían que los mamíferos fueran parientes, solo similares.

Bajo este sistema, la pregunta de por qué hay tantas especies diferentes, y por qué algunas son muy similares entre sí, mientras que otras son bastante diferentes, no había sido respondida.

La teoría de la evolución de Darwin trajo respuestas a esas preguntas. Había tantas especies de organismos porque había muchos entornos diferentes y muchos "nichos" diferentes dentro de esos entornos para sobrevivir. Con el tiempo, los organismos desarrollaron muchos rasgos diferentes que les permitieron sobrevivir y reproducirse con éxito.

Asimismo, esto explicaba por qué algunas especies de animales eran tan diferentes, mientras que otras eran muy similares. Los leones y los tigres, por ejemplo, probablemente se habían separado recientemente de un ancestro común. .

Hoy en día, el estudio de la cladística continúa ayudándonos a comprender de dónde venimos. Los desarrollos recientes en genética nos han permitido encontrar similitudes y diferencias microscópicas entre formas de vida, lo que nos ha llevado a algunas sorpresas.

Algunos descubrimientos interesantes que han surgido del enfoque de la biología molecular a la cladística incluyen:

    están más estrechamente relacionados con los animales que con las plantas. Al estudiar nuestro genoma, los científicos ahora piensan que los antepasados ​​de los hongos y los animales se habían separado después de que el antepasado de las plantas ya era un linaje separado. Esto responde preguntas sobre las intrigantes diferencias entre hongos y plantas y nos ayuda a comprender cómo evolucionaron nuestras propias células y las características # 8217. - previamente clasificado como simplemente "un tipo extraño de bacteria" & # 8211 es en realidad una rama de la vida completamente separada de las bacterias modernas. Son genética y molecularmente muy diferentes de las bacterias y los organismos multicelulares modernos.
  • El análisis del genoma sugiere que los organismos multicelulares como nosotros en realidad pueden haber evolucionado a partir de arqueobacterias antiguas. Aunque sus células se ven muy diferentes a las nuestras ahora, algunos genes que se encuentran en nuestras propias células se han encontrado en arqueobacterias que no se encuentran en las bacterias modernas.

Contenido

La nomenclatura filogenética vincula los nombres a los clados, grupos que consisten en un antepasado y todos sus descendientes. Estos grupos pueden denominarse de forma equivalente monofiléticos. Hay formas ligeramente diferentes de especificar el antepasado, que se analizan a continuación. Una vez que se especifica el antepasado, se fija el significado del nombre: el antepasado y todos los organismos que son sus descendientes se incluyen en el taxón nombrado. Enumerar todos estos organismos (es decir, proporcionar una circunscripción completa) requiere que se conozca el árbol filogenético completo. En la práctica, solo hay una o más hipótesis sobre el árbol correcto. Diferentes hipótesis llevan a pensar que diferentes organismos están incluidos en el taxón mencionado, pero no afectan a qué organismos se aplica realmente el nombre. En este sentido, el nombre es independiente de la revisión de la teoría. [ cita necesaria ]

Definiciones filogenéticas de nombres de clados Editar

La nomenclatura filogenética vincula los nombres a los clados, grupos que consisten únicamente en un antepasado y todos sus descendientes. Todo lo que se necesita para especificar un clado, por lo tanto, es designar al antepasado. Hay varias formas de hacer esto. Comúnmente, el antepasado se indica por su relación con dos o más especificadores (especies, especímenes o rasgos) que se mencionan explícitamente. El diagrama muestra tres formas comunes de hacer esto. Para los clados A, B y C previamente definidos, el clado X se puede definir como:

  • A definición basada en nodos podría leer: "el último ancestro común de A y B, y todos los descendientes de ese antepasado ". Por lo tanto, toda la línea debajo de la unión de A y B no no pertenecen al clado al que se refiere el nombre con esta definición.
  • A definición basada en rama, a menudo llamado definición basada en el tallo, podría leer: "el primero antepasado de A que no es también antepasado de C, y todos los descendientes de ese antepasado ". Por lo tanto, toda la línea debajo de la unión de A y B (excepto el punto más inferior) lo hace pertenecen al clado al que se refiere el nombre con esta definición.
  • Un definición basada en apomorfia podría leer: "el primer antepasado de A en poseer el rasgo M que es heredado por A, y todos los descendientes de ese antepasado". En el diagrama, M evoluciona en la intersección de la línea horizontal con el árbol. Así, el clado al que se refiere el nombre con esta definición contiene la parte de la línea debajo del último ancestro común de A y B que corresponde a los ancestros que poseen la apomorfia M. Se excluye la parte inferior de la línea. No se requiere que B tenga el rasgo M, puede haber desaparecido en el linaje que conduce a B.

Varias otras alternativas se proporcionan en el PhyloCode, [3] (ver más abajo) aunque no se intenta ser exhaustivo.

La nomenclatura filogenética permite el uso, no solo de ancestrales relaciones, sino también de la propiedad de ser existente. Una de las muchas formas de especificar las Neornithes (aves modernas), por ejemplo, es:

Los Neornithes son el último antepasado común de los existente miembros del clado más inclusivo que contiene la cacatúa Cacatua galerita pero no el dinosaurio Stegosaurus armatus así como todos los descendientes de ese antepasado.

Neornithes es un clado de la corona, un clado para el cual el último ancestro común de sus miembros existentes es también el último ancestro común de todos Sus miembros.

Nombres de nodo Editar

  • Nodo de la corona: Ancestro común más reciente de las especies muestreadas del clado de interés
  • Nodo de tallo: Ancestro común más reciente del clado de interés y su clado hermano

Definiciones basadas en la ascendencia de los nombres de taxones parafiléticos y polifiléticos Editar

En el PhyloCode, solo un clado puede recibir una "definición filogenética", y esta restricción se observa en el presente artículo. Sin embargo, también es posible crear definiciones para los nombres de otros grupos que son filogenéticos en el sentido de que usan solo relaciones ancestrales ancladas en especies o especímenes. [4] Por ejemplo, asumiendo que Mammalia y Aves (aves) se definen de esta manera, Reptilia podría definirse como "el ancestro común más reciente de Mammalia y Aves y todos sus descendientes excepto Mammalia y Aves". Este es un ejemplo de un grupo parafilético, un clado menos uno o más clados subordinados. Los nombres de los grupos polifiléticos, caracterizados por un rasgo que evolucionó de manera convergente en dos o más subgrupos, se pueden definir de manera similar como la suma de múltiples clados. [4]

Bajo los códigos de nomenclatura tradicionales, como el Código Internacional de Nomenclatura Zoológica y el Código Internacional de Nomenclatura para algas, hongos y plantas, los taxones que no están explícitamente asociados con un rango no pueden ser nombrados formalmente, porque la aplicación de un nombre a un El taxón se basa tanto en un tipo como en un rango. El requisito de un rango es una diferencia importante entre la nomenclatura tradicional y filogenética. Tiene varias consecuencias: limita el número de niveles anidados en los que se pueden aplicar nombres, hace que las terminaciones de los nombres cambien si un grupo cambia de rango, incluso si tiene precisamente los mismos miembros (es decir, la misma circunscripción) y es lógicamente incompatible con que todos los taxones sean monofiléticos.

Especialmente en las últimas décadas (debido a los avances en filogenética), los taxonomistas han nombrado muchos taxones "anidados" (es decir, taxones que están contenidos dentro de otros taxones). Ningún sistema de nomenclatura intenta nombrar cada clado, esto sería particularmente difícil en la nomenclatura tradicional, ya que cada taxón nombrado debe recibir un rango más bajo que cualquier taxón nombrado en el que esté anidado, por lo que el número de nombres que se pueden asignar en un conjunto anidado. de taxones no puede ser mayor que el número de rangos generalmente reconocidos. Gauthier y col. (1988) [5] sugirió que, si a Reptilia se le asigna su rango tradicional de clase, entonces una clasificación filogenética debe asignar el rango de género a Aves. [6] En tal clasificación, todos

Entonces tendrían que incorporarse a este género 12.000 especies conocidas de aves existentes y extintas.

Se han propuesto varias soluciones manteniendo los códigos de nomenclatura basados ​​en rangos. Patterson y Rosen (1977) [7] sugirieron nueve nuevos rangos entre familia y superfamilia para poder clasificar un clado de arenques, y McKenna y Bell (1997) [8] introdujeron una gran variedad de nuevos rangos para hacer frente a con la diversidad de Mammalia estos no han sido ampliamente adoptados. En botánica, el Grupo de Filogenia de Angiospermas, responsable de la clasificación de plantas con flores más utilizada en la actualidad, eligió un enfoque diferente. Conservaron los rangos tradicionales de familia y orden, considerándolos valiosos para la enseñanza y el estudio de las relaciones entre taxones, pero también introdujeron clados con nombre sin rangos formales. [9]

Los códigos actuales también tienen reglas que establecen que los nombres deben tener ciertas terminaciones dependiendo del rango de los taxones a los que se aplican. Cuando un grupo tiene un rango diferente en diferentes clasificaciones, su nombre debe tener un sufijo diferente. Ereshefsky (1997: 512) [6] dio un ejemplo. Señaló que Simpson en 1963 y Wiley en 1981 acordaron que el mismo grupo de géneros, que incluía el género Homo, deben colocarse juntos en un taxón. Simpson trató este taxón como una familia, por lo que le dio el nombre "Hominidae": "Homin-" de "Homo" y "-idae" como la familia que termina bajo el código zoológico. Wiley consideró que estaba en el rango de tribu, por lo que le dio el nombre "Hominini", siendo "-ini" el final de la tribu. La tribu Hominini de Wiley formaba sólo parte de una familia a la que llamó "Hominidae". Así, bajo el código zoológico, dos grupos con exactamente la misma circunscripción recibieron nombres diferentes (Hominidae de Simpson y Hominini de Wiley) y dos grupos con el mismo nombre tenían circunscripciones diferentes (Hominidae de Simpson y Hominidae de Wiley).

En la nomenclatura filogenética, los rangos no influyen en la ortografía de los nombres de taxón (véase, por ejemplo, Gauthier (1994) [10] y el PhyloCode). Sin embargo, los rangos no están del todo prohibidos en la nomenclatura filogenética. Están simplemente desacoplados de la nomenclatura: no influyen en qué nombres se pueden usar, qué taxones están asociados con qué nombres y qué nombres pueden referirse a taxones anidados. [11] [12] [13]

Los principios de la nomenclatura tradicional basada en rangos son lógicamente incompatibles con todos los taxones que son estrictamente monofiléticos. [11] [14] Todo organismo debe pertenecer a un género, por ejemplo, por lo que tendría que haber un género para cada antepasado común de los mamíferos y las aves. Para que un género de este tipo sea monofilético, debería incluir tanto la clase Mammalia como la clase Aves. Sin embargo, en la nomenclatura basada en rangos, las clases deben incluir géneros, no al revés.

El conflicto entre la nomenclatura filogenética y tradicional refleja diferentes puntos de vista de la metafísica y la epistemología de los taxones. Para los defensores de la nomenclatura filogenética, un taxón es un individuo, una entidad que gana y pierde atributos con el paso del tiempo. [15] Así como una persona no se convierte en otra cuando sus propiedades cambian debido a la maduración, la senilidad o cambios más radicales como la amnesia, la pérdida de una extremidad o un cambio de sexo, un taxón sigue siendo la misma entidad en cualquier caso. las características se ganan o se pierden. [16] Dadas las fuertes afirmaciones metafísicas con respecto a las entidades no observables hechas por los defensores de la nomenclatura filogenética, los críticos se han referido a su enfoque como esencialismo de origen. [17] [18]

Para cualquier individuo, tiene que haber algo que conecte sus etapas temporales en virtud de lo cual sigue siendo la misma cosa. Para una persona, la continuidad espacio-temporal del cuerpo proporciona la conexión relevante desde la infancia hasta la vejez, el cuerpo traza un camino continuo a través del mundo y es este camino, más que cualquier característica del individuo, el que conecta al bebé y al octogenario. . [19] Esto es similar al conocido problema filosófico del Barco de Teseo. Para un taxón, SI las características no son relevantes, ENTONCES solo pueden ser relaciones ancestrales las que conectan al Devónico Rhyniognatha hirsti con la mariposa monarca moderna como representantes, separados por 400 millones de años, del taxón Insecta. [16] El campo opuesto cuestiona la premisa de ese silogismo y argumenta, desde una perspectiva epistemológica, que los miembros de los taxones solo son reconocibles empíricamente sobre la base de sus caracteres, y las hipótesis de ascendencia común son resultados de la sistemática, no de premisas a priori. . Si no hay caracteres que permitan a los científicos reconocer un fósil como perteneciente a un grupo taxonómico, entonces es solo una pieza de roca inclasificable. [20]

Si la ascendencia es suficiente para la continuidad de un taxón, entonces todos los descendientes de un miembro del taxón también se incluirán en el taxón, por lo que todos los taxones de buena fe son monofiléticos y los nombres de los grupos parafiléticos no merecen reconocimiento formal. Como "Pelycosauria" se refiere a un grupo parafilético que incluye algunos tetrápodos del Pérmico pero no sus descendientes existentes, no se puede admitir como un nombre de taxón válido. Una vez más, aunque no están en desacuerdo con la noción de que solo se deben nombrar grupos monofiléticos, los sistemáticos empiristas contrarrestan este esencialismo ancestral señalando que los pelicosaurios se reconocen como parafiléticos precisamente porque exhiben una combinación de sinapomorfias y simmpliomorfias, lo que indica que algunos de ellos son más cercanos. relacionados con los mamíferos que con otros pelicosaurios. La existencia material de un conjunto de fósiles y su estatus como clado no son el mismo problema. Los grupos monofiléticos son dignos de atención y nombre porque comparten propiedades de interés (sinapomorfías) que son la evidencia que permite la inferencia de un ancestro común. [21]

La nomenclatura filogenética es una extensión semántica de la aceptación general de la ramificación en el curso de la evolución, representada en los diagramas de Jean-Baptiste Lamarck y escritores posteriores como Charles Darwin y Ernst Haeckel. [23] En 1866, Haeckel construyó por primera vez un solo árbol de toda la vida basándose en la clasificación de vida existente aceptada en ese momento. Esta clasificación se basaba en el rango, pero no contenía taxones que Haeckel considerara polifiléticos. En él, Haeckel introdujo el rango de phylum que lleva una connotación de monofilia en su nombre (que literalmente significa "tallo").

Desde entonces, se ha debatido de qué formas y en qué medida nuestra comprensión de la filogenia de la vida debe usarse como base para su clasificación, con puntos de vista que van desde la "taxonomía numérica" ​​(fenética) hasta la "taxonomía evolutiva" (gradística). a la "sistemática filogenética". Desde la década de 1960 en adelante, ocasionalmente se propusieron clasificaciones sin rango, pero en general los principios y el lenguaje común de la nomenclatura tradicional fueron utilizados por las tres escuelas de pensamiento.

La mayoría de los principios básicos de la nomenclatura filogenética (falta de rangos obligatorios y algo cercano a las definiciones filogenéticas) pueden, sin embargo, remontarse a 1916, cuando Edwin Goodrich [24] interpretó el nombre Sauropsida, erigido 40 años antes por TH Huxley, para incluyen las aves (Aves), así como parte de Reptilia, y acuñó el nuevo nombre Theropsida para incluir a los mamíferos, así como otra parte de Reptilia. Como estos taxones existen por encima de los niveles tradicionalmente regidos por las reglas de nomenclatura zoológica, Goodrich no enfatizó los rangos, pero discutió claramente las características de diagnóstico necesarias para reconocer y clasificar los fósiles pertenecientes a los diversos grupos. Por ejemplo, con respecto al quinto metatarsiano de la pata trasera, dijo que "los hechos apoyan nuestro punto de vista, ya que estos primeros reptiles tienen metatarsianos normales como sus antepasados ​​anfibios. Está claro, entonces, que tenemos aquí un valioso carácter corroborativo para ayúdenos a decidir si una especie determinada pertenece a la línea evolutiva Theropsidan o Sauropsidan ". Goodrich concluyó su artículo: "La posesión de estos caracteres muestra que todos los reptiles vivos pertenecen al grupo Sauropsidan, mientras que la estructura del pie nos permite determinar las afinidades de muchos géneros fósiles incompletamente conocidos, y concluir que solo ciertos órdenes extintos pueden pertenecen a la rama Theropsidan ". Goodrich opinó que el nombre Reptilia debería abandonarse una vez que se conozca mejor la filogenia de los reptiles.

El principio de que solo los clados deben ser nombrados formalmente se hizo popular en algunos círculos en la segunda mitad del siglo XX. Se difundió junto con los métodos para descubrir clados (cladística) y es una parte integral de la sistemática filogenética (ver arriba). Al mismo tiempo, se hizo evidente que los rangos obligatorios que forman parte de los sistemas tradicionales de nomenclatura producían problemas. Algunos autores sugirieron abandonarlos por completo, comenzando con el abandono de Willi Hennig [25] de su propuesta anterior de definir los rangos como clases de edad geológica. [26] [27]

El primer uso de la nomenclatura filogenética en una publicación se remonta a 1986. [28] Los artículos teóricos que describen los principios de la nomenclatura filogenética, así como otras publicaciones que contienen aplicaciones de la nomenclatura filogenética (principalmente a los vertebrados), pronto siguieron (ver la sección de Literatura) .

En un intento por evitar un cisma en la comunidad sistemática ", Gauthier sugirió a dos miembros del ICZN que aplicaran nombres taxonómicos formales regidos por el código zoológico solo a los clados (al menos para taxones supraespecíficos) y que abandonaran los rangos de Linne, pero estos dos los miembros rechazaron rápidamente estas ideas "(Laurin, 2008: 224). [29] La premisa de los nombres en la nomenclatura tradicional se basa, en última instancia, en especímenes tipo, y la circunscripción de grupos se considera una elección taxonómica hecha por los sistemáticos que trabajan en grupos particulares, en lugar de una decisión de nomenclatura basada en reglas a priori en los Códigos de nomenclatura. [30] El deseo de incluir circunscripciones taxonómicas dentro de definiciones nomenclaturales llevó a Kevin de Queiroz y al botánico Philip Cantino a comenzar a redactar su propio código de nomenclatura, el PhyloCode, para regular la nomenclatura filogenética.

El trabajo pionero de Willi Hennig provocó un animado debate [31] sobre los méritos relativos de la nomenclatura filogenética frente a la taxonomía linneana, o el enfoque relacionado de la taxonomía evolutiva, que ha continuado hasta el presente. [32] Algunos de los debates en los que participaron los cladistas se habían desarrollado desde el siglo XIX. [33] Si bien Hennig insistió en que los diferentes esquemas de clasificación eran útiles para diferentes propósitos, [34] dio primacía al suyo, afirmando que las categorías de su sistema tenían "individualidad y realidad" en contraste con las "abstracciones intemporales" de la morfología. clasificaciones basadas. [35]

Se dice que las clasificaciones formales basadas en el razonamiento cladístico enfatizan la ascendencia a expensas de las características descriptivas. No obstante, la mayoría de los taxónomos evitan hoy los grupos parafiléticos siempre que creen que es posible dentro de la taxonomía linnea. Los taxones polifiléticos han pasado de moda durante mucho tiempo. Muchos cladistas sostienen que los códigos tradicionales de nomenclatura zoológica y botánica son totalmente compatibles con los enfoques cladísticos, y que no hay necesidad de reinventar un sistema de nombres que ha funcionado bien durante 250 años [36] [37] [38]

los ICPN, o PhyloCode, es un código de reglas y recomendaciones para la nomenclatura filogenética.

  • los ICPN solo regula los nombres de clados. Los nombres de las especies se basan en las reglas de los códigos de nomenclatura tradicionales.
  • El principio de prioridad (o "precedencia") se reivindica para los nombres y las definiciones dentro de la ICPN. El punto de partida de la prioridad fue el 30 de abril de 2020.
  • Las definiciones de los nombres existentes y los nombres nuevos junto con sus definiciones deben publicarse en trabajos revisados ​​por pares (en la fecha de inicio o después) y deben registrarse en una base de datos en línea para que sean válidos.

El número de partidarios de la adopción generalizada de la PhyloCode es todavía pequeño y no se sabe con certeza qué tan amplio será el seguimiento.

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Aquí se citan algunas publicaciones que no se citan en las referencias. Se puede encontrar una lista exhaustiva de publicaciones sobre nomenclatura filogenética en el sitio web de la Sociedad Internacional de Nomenclatura Filogenética.


Diario de investigación de la FAU

Jon A. Moore, Ph.D., profesor de biología, y Susan L. Richardson, Ph.D., profesora asistente de investigación afiliada de biología, ambos del Harriet L. Wilkes Honors College, se publicaron recientemente en un nuevo libro titulado "Phylónimos: un compañero del PhyloCode". Phylonym es un volumen que acompaña al "Código Internacional de Nomenclatura Filogenética (PhyloCode)", publicado simultáneamente.

Producto de más de 20 años de trabajo, estas dos publicaciones ayudan a formalizar un conjunto alternativo de reglas 285 años después del lanzamiento de la primera edición de "Systema Naturae", el volumen histórico que marca el comienzo del sistema basado en rangos para categorizar y nombrar la vida. Conocido como PhyloCode, este sistema define nombres científicos basados ​​en relaciones evolutivas.

“El PhyloCode proporciona un sistema para nombrar clados (grupos relacionados) de especies en función de sus relaciones filogenéticas (una especie de árbol evolutivo). The Linnean system of creating ranked categories (e.g., genus, subfamily, family, order, etc.) was never very well defined and initially predated ideas of evolution, and so did not incorporate evolutionary relatedness until much later,“ said Moore. “Even now, the ideas used to define relatedness in the Linnean system are inconsistently applied and not explicit in their definitions of what is or isn’t in a certain group. The PhyloCode formalizes how clades are named and defined. The Phylonyms book provides formal examples of clade names and their definitions that were either previously named for valid clades by earlier investigators or newly named by the authors of the various chapters within the book.”

Moore is the lead author for formal definitions of ten clades of bony fishes, including naming five new groups (Osteichthyes, Pan-Osteichthyes, Actinopterygii, Pan-Actinopterygii, Actinopteri, Pan-Actinopteri, Neopterygii, Pan-Neopterygii, Teleostei, Pan-Teleostei). Richardson is the lead author for the formal definition for the clade Foraminifera, a diverse group of shelled protists. She is also a founding member of the International Society for Phylogenetic Nomenclature and a member of the Committee on Phylogenetic Nomenclature.


What are some examples of clades?

A clade is a group of organisms that evolved from a common ancestor. Eutheria is one mammalian clade and the other is Metatheria, which includes marsupials. The order primates can be considered a clade, as all members are descended from one common ancestor roughly that lived 60 million years ago. Another example of a clade could be birds: they all also descended from a common ancestor.

Check out this image from University of California Museum of Paleontology's Understanding Evolution series that will hopefully make things a bit more clear:

The bottom two images are not examples of clades because they exclude certain species or groups. Let's look at the orange example. If I trace my way back to the common ancestor (the very first line before it splits into two), I see that the line on the far right descends from this same common ancestor, but it is not included in the orange box meant to represent a clade. Thus, this is not a clade because the species on the far right is excluded.


Tragic waste

Taxonomists, already thin on the ground, are frantic to catalogue as much of the world’s biodiversity as they can before it disappears. “We’re the last generation that will have access to this enormous diversity of species, and to piddle away our time implementing a new system is a tragic waste,” says Quentin Wheeler, an insect taxonomist at Cornell University in Ithaca, New York.

The implications are more than just academic. The machinery of conservation, from laws like the US Endangered Species Act to international agreements such as the Convention on International Trade in Endangered Species, is based on the existing system of names.

“Trying to change that system of naming right now would be utter chaos,” says John Kress, a botanist at the Smithsonian Institution who works extensively with government agencies on biodiversity issues.

Savvy traders in endangered species would be quick to exploit any ambiguities during the changeover, says Dennis Stevenson of the New York Botanical Garden, who serves on the cycad specialist group for the World Conservation Union (IUCN).

Donoghue concedes that the transition may bring some uncertainties. “The prudent thing to do is to experiment with this,” he says. “Then we’ll understand the pros and cons much better and we can either modify things or decide not to do it at all. But my guess is that once we’ve done the experiment we’ll end up strongly preferring the PhyloCode.”

Given the hostile reception PhyloCode has received so far, they have a lot of convincing to do.


New books present the PhyloCode, an evolution-based system for naming organisms

A new book outlines the rules of the PhyloCode, a system for naming organisms based on their evolutionary relationships. Credit: CRC Press

Move over, Linnaeus: There's a new way of naming organisms.

Scientists have formalized an alternative set of rules 285 years after the publication of the first edition of "Systema Naturae," the landmark volume marking the beginning of the rank-based system for categorizing and naming life. Known as the PhyloCode, this system defines scientific names based on evolutionary relationships.

Two new books, "International Code of Phylogenetic Nomenclature (PhyloCode)" and "Phylonyms: A Companion to the PhyloCode," outline the rules of the PhyloCode and apply them to some of nature's major clades—groups of organisms consisting of an ancestor and all its descendants.

"This is truly the most significant contribution to the scientific naming system since Linnaeus," said Nico Cellinese, treasurer of the International Society for Phylogenetic Nomenclature, which oversaw the publication of the books and ratified the rules.

Cellinese, associate curator of bioinformatics at the Florida Museum of Natural History and the University of Florida Herbarium, heralded the PhyloCode as "a nomenclature system for the modern age. This provides us with a tool to communicate tree-based concepts," she said, referring to phylogenetics, the study of the evolutionary relationships between organisms.

The product of more than 20 years' labor, "PhyloCode" is the work of Kevin de Queiroz, research zoologist at the Smithsonian's National Museum of Natural History, and Philip Cantino, professor emeritus of environmental and plant biology at Ohio University. De Queiroz, Cantino and Jacques Gauthier of Yale University also edited the accompanying volume "Phylonyms," in which nearly 200 experts established PhyloCode-governed names and phylogenetic definitions for many clades of organisms.

De Queiroz said when he and Gauthier first discovered the underlying theoretical principle of the PhyloCode in the mid-1980s, their intent was not to create a new scientific naming system.

"We just kind of stumbled on this idea," he said. "We were trying to decide where to place certain names on a phylogenetic tree. In the process of talking about it, we realized there could be a different way of defining names—by describing evolutionary relationships. Since definitions are the foundation of any naming system, this opened up the possibility for a new system: the PhyloCode."

Linnaeus' system predated the concept of evolution by more than 100 years and therefore lacked the ability to incorporate newfound knowledge about ancestral relationships between organisms, said Pamela Soltis, curator of the Florida Museum's Molecular Lab, distinguished professor at UF and president of the International Society for Phylogenetic Nomenclature.

"Linnaeus was revolutionary. But it's important to remember that he established these ranks more than a century before we knew about evolution," she said. "So, why do we keep trying to put what we know about evolution in a system that wasn't built to reflect it?"

While the tradition of ranking life forms dates back to Plato and Aristotle, Linnaeus refined that tradition, creating a formal hierarchy of categories—such as kingdoms, classes, orders and species—that nested within one another. But these ranks are ultimately human constructs and often rely on subjective criteria, which can lead to confusion and instability. When a name changes based on new findings, it can have a cascading effect, de Queiroz said.

A phylogeny is a map of the evolutionary relationships between organisms. This tree represents the relationships between green plants. Credit: Leebens-Mack et al. In Nature

Take termites, which until about a decade ago, made up the order Isoptera. Subsequent studies showed they're actually a subgroup of roaches, which had their own order, Blattodea. This resulted in the "demotion" of termites to the rank of family and a cascade of headache-inducing name changes down through its subgroups—even though termites, as a clade of organisms with a common ancestor, did not change.

"With the PhyloCode, that doesn't happen. You can use ranks, but they have no role in the naming," Cantino said. "We're retaining most existing names, but tying them to clades so that they won't change if they change in rank. Once we made the decision that the PhyloCode would govern only clade names, not species names, which are still governed by the traditional codes, we did whatever we could to make the two systems compatible."

Another benefit of the PhyloCode is increased clarity, said Cellinese, who spearheaded the development of RegNum, the online registration database for names created using the rules of the PhyloCode, including those in "Phylonyms."

"Clades have very well-defined points of references—the tree, ancestors, nodes, branches," she said. "Otherwise, you have to rely on ranks, which don't exist in nature, or groups defined by traits, physical characteristics that can be ambiguous. What looks red to you may look pink to me."

This subjectivity also makes groups defined by traits difficult to compute with algorithms, she said.

De Queiroz likened it to searching for a house using subjective directions such as "Turn right at the tall tree." The PhyloCode offers a definition that is akin to GPS coordinates, making it easier to use computer programs to navigate evolutionary trees.

The PhyloCode is not without its opponents, and much of de Queiroz and Cantino's time has been spent responding to critiques. But the authors said they hope the younger generation of scientists, who have been brought up on "tree thinking," will embrace the system and step into leadership roles to further develop it in the future.

What might Linnaeus have said about this new system? Soltis was optimistic.

"I think if he knew what we know now, he would say, 'Do it.'"

The books are now available for preorder from CRC Press, part of the Taylor and Francis Group, and will publish June 9.

Cellinese, Soltis and the Florida Museum's Douglas Soltis and Walter Judd contributed names to the "Phylonyms" volume.


Towards a phylogenetic nomenclature of Traqueofita

Department of Environmental and Plant Biology, Ohio University, Athens, Ohio, 45701 U.S.A.

Authors are listed alphabetically, except for the first and last authors

Section of Evolution and Ecology, University of California, Davis, California, 95616 U.S.A.

Authors are listed alphabetically, except for the first and last authors

UBC Botanical Garden and Centre for Plant Research, 6804 SW Marine Drive, The University of British Columbia, Vancouver, British Columbia, Canada, V6T 1Z4

Authors are listed alphabetically, except for the first and last authors

Department of Botany, University of Florida, Gainesville, Florida, 32611-8526 U.S.A.

Authors are listed alphabetically, except for the first and last authors

Department of Biology, P.O. Box 355325, University of Washington, Seattle, Washington, 98195-5325 U.S.A.

Authors are listed alphabetically, except for the first and last authors

Department of Botany, University of Florida, Gainesville, Florida, 32611-8526 U.S.A.

Authors are listed alphabetically, except for the first and last authors

Florida Museum of Natural History, University of Florida, Gainesville, Florida, 32611 U.S.A.

Department of Ecology & Evolutionary Biology and Peabody Museum of Natural History, Yale University, P.O. Box 208106, New Haven, Connecticut, 06520-8106 U.S.A.

Department of Environmental and Plant Biology, Ohio University, Athens, Ohio, 45701 U.S.A.

Authors are listed alphabetically, except for the first and last authors

Section of Evolution and Ecology, University of California, Davis, California, 95616 U.S.A.

Authors are listed alphabetically, except for the first and last authors

UBC Botanical Garden and Centre for Plant Research, 6804 SW Marine Drive, The University of British Columbia, Vancouver, British Columbia, Canada, V6T 1Z4


Abstracto

The past three decades of research have greatly advanced our understanding of phylogenetic relationships in the family Leguminosae. It has become clear in recent years that our classification system is in need of significant updating if it is to reflect our current understanding of the phylogeny of the family and facilitate effective communication of that knowledge. The goal of this paper is to suggest a set of guidelines for formally defining and naming clades, which draws on many of the recommendations embodied in the draft International Code of Phylogenetic Nomenclature or “PhyloCode”. I provide specific examples of phylogenetic nomenclature applied to several well recognized and well-supported, informally named papilionoid clades to serve as a model for standardizing legume clade names by the legume community in the future. For the most part the clades named here are below subfamily and above tribal ranks in the Linnaean system. It is my contention that a new Linnaean classification, designed to reflect phylogeny, and a clade-based system of phylogenetic nomenclature are mutually complementary approaches to achieving a new classification of the legume family.


The Nouns of Names on NEXUS

Programming is a mystery to most folks. They see a bunch of overpunctuated gobbledygook with words strewn about here and there and it's completely opaque. They know that it somehow translates into the functionality of the applications, games, websites, etc. that they use. But they have no inroads to understanding how on Earth that works.

I will now attempt a (very) partial explanation for the phylogenetics-literate crowd.

One thing people don't understand is that object-oriented computer languages (which is what I primarily use) are actually designed to be compatible with how humans think. Or at least, they're a sort of compromise between how computers think and how humans think. Natural languages, of course, are totally biased toward how humans think, while machine codes (and their slightly dressed-up cousins, assembly languages) are totally biased toward how computers think. (There are also functional languages which are slightly more computer-biased than object-oriented languages.)

Like natural languages, object-oriented languages have nouns, except they're called objetos. They also have verbs, except they're called métodos. Methods are usually (but not always) attached to objects. Objects can have attributes which are themselves other objects&mdashthese are called los campos, and they can work a bit like adjectives (although that's not a perfect analogy).

One of the first tasks I do as a programmer when approaching a new project is to figure out what the nouns of the project are. These will be used as the basis for clases, which are the templates which objects (and their methods and fields) are created from.

So let's use Names on NEXUS as an example. This is my project, hinted at in my paper, to relate the data in NEXUS files (Maddison et al. 1997) to definitions of names as governed by the PhyloCode. So my first step is to come up with lists of nouns (i.e., class candidates) for each side of the equation:

PhyloCode (nomenclature)scientific name (or nomen), uninomen, binomen, prenomen, genus name, clade name, phylonym, definition
PhyloCode (specification)specifier, species, specimen, specimen collection, specimen accession, apomorphy, definition
NEXUSNEXUS file, tree, tree element, tree node, tree terminus, character state
compartidophylogeny, citation, piece of literature, calendar date, URI

The goal of this project is to translate a PhyloCode definition (associated with a phylonym) into a list of NEXUS taxa (i.e., operational taxonomic units) using a NEXUS tree. For that to happen, there need to be some additional nouns that help relate NEXUS entities to PhyloCode entities:

Names on NEXUScharacter state specifier, taxon specifier, character state link, taxon link

The next step is to figure out how these nouns&mdashthese classes&mdashrelate to each other. Typically, this involves statements of the form "X es un Y" (which has to do with class hierarchy) and the forms "X tiene un Z", "X has one or more Zs", "X has zero or more Zs", etc. (which have to do with fields). I'll also translate these nouns into capitalized "camel-humped" format, the standard format for class names in the languages I use. Lower-case "camel-humped" nouns are of primitive types (numbers, strings, Booleans) which I don't need to make a class for.

  • A LiteraturePiece tiene un CalendarDate, one or more authorNames, and zero or more URI s.
  • A Citación tiene un LiteraturePiece and zero or more authorNames.
  • A Nomen tiene un Citación, un orthography, and zero or more URIs.
  • A Uninomen es un Nomen.
  • A Binomen es un Nomen y un Phylonym, and has a Prenomen y un Uninomen.
  • A GenusName es un Uninomen y un Prenomen.
  • A CladeName es un Uninomen, a Phylonym, and a Prenomen.
  • A PhyloDefinition tiene un Citación, a Phylonym, one or more Specifiers, a prose statement, and a mathML statement(see my paper for details on the last one).
  • A Specifier has zero or more URIs.
  • Un Apomorphy es un CharStateSpecifier, and has a descripción y un Citación.
  • A Specimen es un TaxonSpecifier, and has one or more SpecimenAccessions.
  • A SpecimenAccession tiene un código y un SpecimenCollection.
  • A SpecimenCollection tiene un código, a nombre, and zero or more URIs.
  • A Especies es un TaxonSpecifier, and has one or more Binomens (binomina) and one or more Specimens (name-bearing types).
  • A NexusFile tiene textData, zero or one Citacións, zero or more URIs, a numTaxa amount, a numChars amount, two or more CharStates, zero or more Árbols, zero or more CharStateLinks, and zero or more TaxonLinks.
  • A CharState has a character index and a character puntuación.
  • A Árbol tiene un TreeNode.
  • A TreeNode es un TreeElement and has two or more TreeElements.
  • A TreeTerminus es un TreeElement and has a taxonIndex.
  • A CharStateSpecifier es un Specifier.
  • A TaxonSpecifier es un Specifier.
  • A CharStateLink tiene un CharState y un CharStateSpecifier.
  • A TaxonLink tiene un taxonIndex y un TaxonSpecifier.

Now I can describe the core functionality of Names on NEXUS. Taking a NexusFile, the user selects one of its Árbols. Next, the application finds all PhyloDefinitions whose Specifiers are each referred to by one of the NexusFile's CharStateLinks or TaxonLinks. Utilizando el Árbol y cada PhyloDefinition's mathML statement, it correlates the PhyloDefinition's Phylonym to a set of taxon indices in the NexusFile.

Of course, this is not all the application will do. (In fact, I've been done with that part of the programming for a while now.) There will also need to be a lot of programming for saving these data permanently in a database, presenting the data to the user, and making it easier for the user to enter data (for example, by creating methods for coming up with specifier suggestions based on definition statements). This may take a while.